Microarray এবং RNA- এর সিকোএন্সিং মধ্যে পার্থক্য | মাইক্রোরেই বনাম আরএনএ সিকোয়েন্সিং

কী পার্থক্য - Microarray বনাম RNA- এর সিকোএন্সিং

Transcriptome mRNA, rRNA, তৃনা সহ একটি কক্ষে উপস্থিত RNA- এর পুরো বিষয়বস্তু, nondegraded RNA- এর প্রতিনিধিত্ব করে পতিত RNA- এর, এবং,। কোষের অন্তর্দৃষ্টিগুলি বোঝার জন্য প্রোফাইলিং ট্রান্সস্ক্রিম একটি গুরুত্বপূর্ণ প্রক্রিয়া। ট্রান্সক্রোমট প্রোফাইলিংয়ের জন্য বেশ কিছু উন্নত পদ্ধতি রয়েছে। মাইক্রোরেই এবং আরএনএ সিকোয়েন্সিং ট্রান্সক্রিপটম বিশ্লেষণ করতে উন্নত দুটি ধরনের প্রযুক্তি। Microarray এবং RNA- এর সিকোয়েন্সিং মধ্যে কী পার্থক্য হচ্ছে Microarray লক্ষ্য cDNA সিকোয়েন্স সঙ্গে predesigned লেবেল প্রোবের শঙ্কর সম্ভাব্য সময় RNA- এর সিকোয়েন্সিং যেমন NGS উন্নত সিকোয়েন্সিং কৌশল দ্বারা cDNA সুতা সরাসরি সিকোয়েন্সিং উপর ভিত্তি করে তৈরি ভিত্তি করে হয়। সিকোয়েন্স সম্পর্কে পূর্বের জ্ঞান নিয়ে মাইক্রোরেরে সঞ্চালিত হয় এবং ধারাবাহিকতা সম্পর্কে পূর্ববর্তী জ্ঞান ছাড়াই আরএনএ সিকোয়েন্সিং সঞ্চালিত হয়।

সুচিপত্র

1। সংক্ষিপ্ত বিবরণ এবং কী পার্থক্য

2 মাইক্রোরেই কি

3 আরএনএ সিকিউরিশিং কি

4 সাইড তুলনা দ্বারা সাইড - মাইক্রোআরআরই বনাম আরএনএ সিকিউন্সিং

5 সারসংক্ষেপ

মাইক্রোরেই কি?

মাইক্রোরেই একটি শক্তসমর্থ, নির্ভরযোগ্য এবং উচ্চ তাপমাত্রা যা বৈজ্ঞানিকদের দ্বারা ট্রান্সক্রোমটোম প্রোফাইলিংয়ের জন্য ব্যবহার করা হয়। ট্রান্সস্ক্লিট বিশ্লেষণের জন্য এটি সবচেয়ে জনপ্রিয় পদ্ধতি। এটি একটি কম খরচে পদ্ধতি, যা হাইব্রীডাইজেশন প্রোবের উপর নির্ভর করে।

ট্র্যাফিক নমুনা থেকে mRNA নিষ্কাশন এবং মোট আরএনএ থেকে সিডিএনএ লাইব্রেরি নির্মাণ শুরু হয়। তারপর এটি একটি কঠিন পৃষ্ঠ (স্পট ম্যাট্রিক্স) উপর fluorescently লেবেল predesigned প্রোব সঙ্গে মিশ্রিত করা হয়। সম্পূরক অনুক্রমগুলি মাইক্রোআররে লেবেলযুক্ত প্রোবের সাথে হাইব্রিড করে। তারপর মাইক্রোআরray ধুয়ে এবং স্ক্রিনড হয়, এবং ছবিটি পরিমাপ করা হয়। সমষ্টিগত তথ্য আপেক্ষিক আপেক্ষিক প্রোফাইল পেতে বিশ্লেষণ করা উচিত।

Microarray প্রোব তীব্রতা নমুনা প্রতিলিখন পরিমাণ সমানুপাতিক হতে অধিকৃত হয়। যাইহোক, এই প্রযুক্তির সঠিকতা পরিকল্পিত অনুসন্ধানের উপর নির্ভর করে, সারণির পূর্বে জ্ঞান এবং হাইব্রীডাইজেশনের জন্য অনুসন্ধানের আকর্ষণ। তাই মাইক্রোআরআরএ প্রযুক্তির সীমাবদ্ধতা আছে। মাইক্রোরেই টেকনিক কম ভলিউম ট্রান্সক্রিপস সঙ্গে সঞ্চালিত করা যাবে না। এটা isoforms পার্থক্য এবং জেনেটিক বৈকল্পিক চিহ্নিত করতে ব্যর্থ। যেহেতু এই পদ্ধতি প্রোবের শঙ্কর উপর নির্ভর করে, কিছু সমস্যা যেমন ক্রস শঙ্কর, nonspecific শঙ্কর ইত্যাদি শঙ্কর থেকেমাইক্রোআরআরই টেকনিকে ঘটে।

চিত্র 01: মাইক্রোআরএ

আরএনএ সিকিউরিসিং কি?

আরএনএ শটগন সিকোয়েন্সিং (আরএনএ সিক ) সম্প্রতি উন্নত ট্রান্সক্রিপটম সিকোয়েন্সিং টেকনিক। এটি ট্রান্সক্রোমট প্রোফাইলিংয়ের একটি দ্রুত এবং উচ্চ থ্রুপুট পদ্ধতি। এটি ট্রান্সক্রিপোমের গভীর অনুসন্ধানে সরাসরি জিনের অভিব্যক্তি এবং ফলাফল প্রকাশ করে। আরএনএ seq পূর্বনির্ধারিত প্রোবের উপর নির্ভর করে না বা অনুক্রমগুলির পূর্ববর্তী জ্ঞানের ওপর নির্ভর করে না। অতএব, আরএনএ সিক পদ্ধতির উপসাগরীয় জিন এবং জেনেটিক ভ্যারিয়েন্ট সনাক্তের উচ্চ সংবেদনশীলতা এবং ক্ষমতা রয়েছে।

আরএনএ সিকোয়েন্সিং পদ্ধতিটি বিভিন্ন পদক্ষেপের মাধ্যমে সঞ্চালিত হয়। কোষের মোট আরএনএ বিচ্ছিন্ন এবং বিভক্ত করা আবশ্যক। তারপর, বিপরীত ট্রান্সক্র্যাশট ব্যবহার করে, একটি সিডিএনএ লাইব্রেরি প্রস্তুত করা আবশ্যক। প্রতিটি সিডিএনএ স্ট্র্যান্ড অ্যাডাপ্টারের সাথে ligated আবশ্যক। তারপর ligated টুকরা বিস্তার এবং বিশুদ্ধ করা আবশ্যক। অবশেষে একটি NGS পদ্ধতি ব্যবহার করে, সিডিএনএর সিকোয়েন্সিং করা আবশ্যক।

চিত্র 02: আরএনএ সিকোয়েন্সিং

মাইক্রোআরআরএ এবং আরএনএ সিকোয়েন্সিং এর মধ্যে পার্থক্য কি?

- টেবিল থেকে প্রান্তিক প্রান্তিক মধ্যম ->

মাইক্রোরেই বনাম আরএনএ এসকেনসিং
মাইক্রোরেই একটি শক্তসমর্থ, নির্ভরযোগ্য, উচ্চ তাপমাত্রা পদ্ধতি।	আরএনএ সিকোয়েন্সিং একটি সঠিক এবং উচ্চ-আউটপুট পদ্ধতি।
খরচ
এটি একটি কম খরচে পদ্ধতি।	এটি একটি ব্যয়বহুল পদ্ধতি।
নমুনার একটি বড় সংখ্যা বিশ্লেষণ
এটি একসঙ্গে অনেক সংখ্যক নমুনা বিশ্লেষণ করতে সহায়তা করে।	এটি অনেকগুলি নমুনার বিশ্লেষণের সুবিধা দেয়।
ডেটা বিশ্লেষণ
ডেটা বিশ্লেষণ জটিল।	এই পদ্ধতিতে আরো তথ্য তৈরি করা হয়; অতএব, প্রক্রিয়া আরও জটিল।
অনুক্রমে পূর্ব জ্ঞান
এই পদ্ধতিটি হাইব্রিডাইজেশন প্রোবের উপর ভিত্তি করে তৈরি করা হয়, যাতে প্রয়োজনে শৃঙ্খলাগুলির পূর্বে জ্ঞান।	এই পদ্ধতিটি পূর্বে অনুক্রম জ্ঞান উপর নির্ভর করে না।
কাঠামোগত বৈচিত্র এবং নভেল জিন
এই পদ্ধতিটি গঠনগত বৈচিত্র এবং উপন্যাস জিন সনাক্ত করতে পারে না।	এই পদ্ধতিটি জিন ফেইসিং, বিকল্প splicing, এবং উপন্যাস জিন হিসাবে স্ট্রাকচারাল বৈচিত্র সনাক্ত করতে পারে।
সংবেদনশীলতা
এটি isoforms এর প্রকাশে পার্থক্য সনাক্ত করতে পারে না, তাই এটি সীমিত সংবেদনশীলতা।	এর উচ্চ সংবেদনশীলতা আছে
ফলাফল
এটি শুধুমাত্র আপেক্ষিক অভিব্যক্তি মাত্রা হতে পারে। এটি জিন এক্সপ্রেশনের পরম পরিমাপ প্রদান করে না।	এটি সম্পূর্ণ এবং আপেক্ষিক অভিব্যক্তি মাত্রা দেয়
ডেটা রেনালাইসিস
পুনর্গঠন করার জন্য এটি পুনরায় চালু করতে হবে	ক্রমান্বয়ে তথ্য পুনঃ বিশ্লেষণ করা যায়।
নির্দিষ্ট কর্মী ও পরিকাঠামোর জন্য প্রয়োজন
মাইক্রোআরআরই জন্য নির্দিষ্ট অবকাঠামো এবং কর্মীদের প্রয়োজন হয় না।	আরএনএ সিকোয়েন্সিং দ্বারা প্রয়োজনীয় নির্দিষ্ট অবকাঠামো এবং কর্মী।
কারিগরি সমস্যাগুলি
মাইক্রোরেই টেকনিকের প্রযুক্তিগত সমস্যা যেমন ক্রস-হাইব্রিডাইজেশন, অ্যান্পেসিফিক হাইব্রিডাইজেশন, স্বতন্ত্র প্রোবগুলির সীমিত সনাক্তকরণ হার, ইত্যাদি। আরএনএ সিক কৌশল ক্রস হাইব্রিডাইজেশন, অনিয়মিত হাইব্রিডাইজেশন, সীমাবদ্ধ ব্যক্তিগত অনুসন্ধান সনাক্তকরণের হার, ইত্যাদি।	বিয়াই
এটি একটি পক্ষপাতমূলক পদ্ধতি কারণ এটি হাইব্রীডাইজেশন নির্ভর।
বাইয়া মাইক্রোরেয়ারের তুলনায় কম।	সংক্ষিপ্ত বিবরণ - মাইক্রোরেই বনাম আরএনএ সিকোয়েন্সিং

মাইক্রোরেই এবং আরএনএ সিকোয়েন্সিং পদ্ধতিগুলি ট্রান্সক্রিপটম প্রোফাইলিংয়ের জন্য উন্নত উচ্চতর ট্রান্সট্রোম প্ল্যাটফর্ম। উভয় পদ্ধতি ফলাফল ফলাফল যা জিন এক্সপ্রেশন প্রোফাইল থেকে অত্যন্ত সম্পর্কযুক্ত হয়। যাইহোক, জিন এক্সপ্রেশন বিশ্লেষণের জন্য মাইক্রোআরআরএর উপরে আরএনএ সিকোয়েন্সিং এর সুবিধা রয়েছে। আরএনএ সিকোয়েন্সিংটি মাইক্রোয়ারের চেয়ে কম প্রফিট ট্রান্সক্রিপস সনাক্তকরণের জন্য একটি আরো সংবেদনশীল পদ্ধতি। আরএনএ সিকোয়েন্সিং এছাড়াও isoforms এবং জিন বৈচিত্র্যের সনাক্তকরণের মধ্যে পার্থক্য সক্রিয় করে। যাইহোক, মাইক্রোআরআরই অধিকাংশ গবেষকদের সাধারণ পছন্দ হয়, যেহেতু আরএনএ সিকোয়েন্সিং একটি নতুন এবং ব্যয়বহুল কৌশল যা ডেটা সংরক্ষণের চ্যালেঞ্জ এবং জটিল তথ্য বিশ্লেষণ।

রেফারেন্সগুলি:

1। ওয়াং, ঝং, মার্ক জারস্টাইন, এবং মাইকেল স্নেইডার "আরএনএ-সিক: ট্রান্সক্রোম্যাটিক্সের জন্য একটি বিপ্লবী হাতিয়ার। "প্রকৃতি পর্যালোচনাগুলি। জীনতত্ত্ব। ইউ। এস। ন্যাশনাল লাইব্রেরী মেডিসিন, ২009। ওয়েব। 14 মার্চ ২017

২ রজার, চার্লস ই।, তাতিয়ানা টেকাইকোভস্কা, রাকেল নোরেল, আলডো মাসিমি, ক্রিস্টোফার প্লেসেসিয়া, ইউজিনি রুবিশেভস্কি, পল সিবার্ট, এবং লেসলি ই। "বিভিন্ন জৈবিক নমুনার মধ্যে জিন এক্সপ্রেশন মধ্যে পার্থক্য পরিমাপ একটি উচ্চ-থ্রুপুট পদ্ধতি," আরএনএ এক্সপ্রেশন মাইক্রোরিয়াস (REMS)। "নিউক্লিক অ্যাসিড গবেষণা। অক্সফোর্ড ইউনিভার্সিটি প্রেস, 01 জানুয়ারি 2004. ওয়েব 15 মার্চ ২017

3 ঝাও, শানরং, ওয়াই-পিং ফুং-লেউং, এন্টন বিটনার, কারেন নগো এবং জিউজেন লিউ। "সক্রিয় এন সেলগুলির ট্রান্সক্রোমিটম প্রোফাইলিং এ আরএনএ-সিক এবং মাইক্রোআরআরএর তুলনা। "পিএলওএস এক বিজ্ঞানের পাবলিক লাইব্রেরী, জানুয়ারী 2014. ওয়েব 15 মার্চ ২017

চিত্র সৌজন্যে:

1। "জার্নাল। pcbi। 1004393. g002 "মালাচি গ্রিফিথ, জেসন আর। ওয়াকার, নিকোলাস সি স্পিশ, বেঞ্জামিন জে। এন্সকোফ, ওবি এল গ্রিফিথ - (সিসি বাই ২.5) কমিকস উইকিমিডিয়া

২। "মাইক্রোআরআরএ" বিল ব্রান্সন (ফটোগ্রাফার) - জাতীয় ক্যান্সার ইনস্টিটিউট (পাবলিক ডোমেন) এর মাধ্যমে কমিকস উইকিমিডিয়া